Де я можу знайти дані ChIP-seq?

Щоб побачити, які набори даних ChIP-seq доступні для білків Grhl, перейдіть на сторінку http://cistrome.org/db/#/, введіть «Grhl» у полі пошуку та натисніть «Пошук». Потім ми можемо уточнити пошук, вибравши Homo sapiens у Виді.

Щоб знайти публічні експериментальні дані секвенування, веб-сайт NCBI Gene Expression Omnibus (GEO). є корисним місцем для пошуку. Вимога для багатьох грантів полягає в тому, щоб експериментальні дані були завантажені в GEO та архів зчитування послідовності (SRA); отже, існує досить багато наборів даних на GEO, доступних для пошуку.

Бази даних RNA-Seq

• GEO.
• Атлас виразів EMBL.
• GTEx.
• TCGA.
• Перерахувати3.

Завантаження ChIP-seq читає з NCBI

1. 1 – Отримання ідентифікатора для вибраного набору даних. У цікавій статті знайдіть речення, у якому згадується розміщення даних у базі даних. …
2. 2 – Доступ до GSE41195 із GEO. …
3. 3 – Завантаження файлу FASTQ з бази даних ENA.

Місце зберігання за умовчанням папку Seq у папці Windows ProgramData, яка зазвичай знаходиться в C:\ і прихована за замовчуванням. У цьому прикладі шлях зберігання – C:\ProgramData\Seq . У цій папці Seq зберігає: AppData – програми, які працюють у процесі Seq, зберігають тут власні файли.

Кілька безкоштовних державних наборів даних, які ми рекомендуємо:

• Data.gov.
• Дані та статистика USA.gov.
• Дані Федеральної резервної системи.
• Бюро статистики праці США.
• Каліфорнійський портал відкритих даних.
• Відкриті дані Нью-Йорка.
• Доступ до даних NOAA (переважно через API)
• Портал відкритих даних NASA.