Як аналізувати філогенетичне дерево?

Розуміння філогенезу дуже схоже на читання сімейного дерева. Корінь дерева представляє родовід предків, а кінчики гілок представляють нащадків цього предка. Рухаючись від коренів до кінчиків, ви рухаєтеся вперед у часі.

Щоб побудувати філогенетичне дерево, вчені починають із цікавих послідовностей і використовують кілька кроків, щоб прийти до філогенетичного дерева. Коротко, ці кроки включають: (1) вирівнювання множинної послідовності, (2) побудова дерева за допомогою обраного методу побудови дерева та (3) оцінка надійності дерева.

У філогенетичному дереві, листя, що представляють види, популяції, особини або гени, можуть бути з’єднані з вузлами через гілки (зовнішня гілка). Гілки представляють передачу генетичної інформації між наступними поколіннями, а довжина гілок означає генетичні зміни або розходження.

Максимальна економія (MP), максимальна правдоподібність (ML) і байєсівський висновок (BI) широко використовуються символьні методи. MP шукає дерево, яке вимагає найменшої кількості еволюційних змін, тоді як ML і BI оцінюють найбільш вірогідне дерево з урахуванням конкретної моделі еволюції послідовності.

Пацієнти, цей підхід схожий на вивчення генеалогічного дерева, яке пов’язує вас із вашими братами та сестрами, як у прикладі мультфільму. Батьки і двоюрідні брати.

Філогенетичне дерево – це графічне зображення еволюційних зв’язків між біологічними об’єктами, як правило, послідовностями чи видами. Відносини між сутностями фіксуються топологією (порядком розгалуження) та кількістю еволюційних змін (довжиною розгалуження) між вузлами.