Який заряд пептиду?

Загальний або чистий заряд на пептиді просто сума зарядів кожної іонізованої групи в пептиді. Калькулятор сумарного заряду пептиду визначає заряд послідовності пептиду при заданому pH. Він використовує рівняння Хендерсона-Хассельбалха та значення pKa іонізованих груп.

У дещо менш кислому мікрокліматі рН-залежні пептиди міститимуть як непротоновані кислотні залишки (негативно заряджені) і протоновані основні залишки (позитивно заряджені).

Серія мас-спектрів позитивних іонів була отримана в аналізі ацетату пептиду динорфіну A (1-13) (MW: 1604) за допомогою звичайного ESI та індуктивного ESI. Пептид у мас-спектрі, отриманому звичайним ESI, має чотири стани заряду (від +1 до +4), а найпоширенішим піком був пік заряду +3.

Внесок позитивних зарядів у мембранну вставку поліпептидного ланцюга також був кількісно підтверджений (Lerch-Bader et al., 2008). Крім того, позитивно заряджені залишки, які є 13-залишками нижче за течією від H-сегмента, сприяють стоп-транслокації (Lerch-Bader et al., 2008).

Загальний заряд білка дорівнює нуль в ізоелектричній точці (pI), позитивний при pH нижче pI і негативний при pH вище pI.

Пептидний зв'язок – це ковалентний характер. Електрони розподіляються між двома атомами в пептидному зв’язку. Це тип амідного зв’язку між аміногрупою однієї амінокислоти та карбоксильною групою іншої амінокислоти.